登基为帝
建元二年(344年)九月二十六日,晋康帝去世。九月二十七日,年仅两岁的太子司马聃即位,尊母亲皇后褚蒜子为皇太后,并由褚太后临朝摄政。第二年改元为 永和。 同年十月二十三日,将晋康帝安葬于崇平陵,十一月初九日,车骑将军 庾冰去世。
由于司马聃年幼,所以由褚太后掌政,并由 何充辅政。永和二年(346年)正月己卯日,何充去世。二月癸丑日,由司徒 蔡谟与会稽王司马昱 辅政。 此后赵石虎病死,中原大乱。晋穆帝在位期间东晋朝廷先后令 褚裒 、 殷浩北伐,均未成功。永和十年(354年),太尉、征西将军 桓温北伐关中,大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的 成汉 ,并且于356年夺回洛阳,虽然不久就因为粮运不继而撤退,东晋的版图仍然有所扩大。
英年早逝
升平五年(361年)五月丁巳日,司马聃病在显阳殿去世,时年十九岁。司马聃死后,谥号穆皇帝,庙号孝宗,安葬于永平陵 (今江苏 江宁西北幕府山南)。
历史评价
曹毗《晋江左宗庙歌》之九:“孝宗夙哲,休音允臧。如彼晨离,耀景扶桑。垂训华幄,流润八荒。幽赞玄妙,爰该曲章。西平僭蜀,北静旧疆。高猷远畅,朝有遗芳。”
房玄龄等《 晋书》:①“孝宗因繦抱之姿,用母氏之化,中外无事,十有余年。以武安之才,启之疆埸;以文王之风,被乎江汉,则孔子所谓吾无间然矣。” ;②“委裘称化,大孝为宗,遵彼圣善,成兹允恭。西旌玉垒,北旆金墉。迁殷旧僰,莫不来从。”