登基为帝

建元二年（344年）九月二十六日，晋康帝去世。九月二十七日，年仅两岁的太子司马聃即位，尊母亲皇后褚蒜子为皇太后，并由褚太后临朝摄政。第二年改元为 永和。 同年十月二十三日，将晋康帝安葬于崇平陵，十一月初九日，车骑将军 庾冰去世。

由于司马聃年幼，所以由褚太后掌政，并由 何充辅政。永和二年（346年）正月己卯日，何充去世。二月癸丑日，由司徒 蔡谟与会稽王司马昱 辅政。 此后赵石虎病死，中原大乱。晋穆帝在位期间东晋朝廷先后令 褚裒 、 殷浩北伐，均未成功。永和十年（354年），太尉、征西将军 桓温北伐关中，大败前秦。桓温还消灭了在四川立国的 成汉 ，并且于356年夺回洛阳，虽然不久就因为粮运不继而撤退，东晋的版图仍然有所扩大。

英年早逝

升平五年（361年）五月丁巳日，司马聃病在显阳殿去世，时年十九岁。司马聃死后，谥号穆皇帝，庙号孝宗，安葬于永平陵 （今江苏 江宁西北幕府山南）。

历史评价

曹毗《晋江左宗庙歌》之九：“孝宗夙哲，休音允臧。如彼晨离，耀景扶桑。垂训华幄，流润八荒。幽赞玄妙，爰该曲章。西平僭蜀，北静旧疆。高猷远畅，朝有遗芳。”

房玄龄等《 晋书》：①“孝宗因繦抱之姿，用母氏之化，中外无事，十有余年。以武安之才，启之疆埸；以文王之风，被乎江汉，则孔子所谓吾无间然矣。” ；②“委裘称化，大孝为宗，遵彼圣善，成兹允恭。西旌玉垒，北旆金墉。迁殷旧僰，莫不来从。”